太湖县属皖西南丘陵低山区，地势西北高、东南低。县城西北面为重峦迭嶂的大别山余脉，海拔在800米以上的山峰有将军山、桐山、山尖寨、六省坡、天华尖、芙蓉寨等16座，其中以将军山最高，海拔1109米，是皖鄂两省的天然屏障；东南部除香茗耸秀、泊湖蓄美之外，大都为丘陵平畈交错之地。县境内主要河流为长河，发源于岳西多枝山，在杏花村南入县境，纳羊角河、同义河、薜义河、白沙河、安乐河、南阳河、黑岩河、青石河、小湖河、大湖河、寺前河、罗溪河诸水，入花凉亭水库，下龙山，傍县城，穿新仓，进潜山，汇皖河，再入长江。长河纵贯全县，境内总长81公里。全县山地1242.41平方公里，占61.18%；丘陵490.27平方公里占24.14%；平原77.37平方公里，占3.83%；水面222.25平方公里，占10.85%。